Dans l’Antiquité, Aloxe-Corton se situait près d’un axe routier romain. Vu l’intérêt des gallo-romains pour la vigne et l’évidence du potentiel viticole de l’endroit, il est possible que l’exploitation du vignoble de Corton ait été initiée dès les premiers siècles de notre ère. L’archéologie n’en a toutefois pas encore trouvé de traces.
Selon la tradition, le roi Charlemagne (±747-814) aurait transmis un clos d’un peu moins de 2 ha sur le flanc sud-ouest de la colline à l’institution moniale de la Collégiale St-Andoche de Saulieu, qui le garda mille ans avant d’en être dépossédé, puis vendu en tant que Bien National pendant la Révolution. L’illustre vigne aurait été initialement confisquée par le grand-père de Charlemagne, Charles Martel, le vainqueur de l’épique confrontation avec les arabes à Poitier en 775. Toujours est-il que cette surface est aujourd’hui entre les mains du Domaine Bonneau de Martray.
Au Moyen-Age, plusieurs institutions religieuses se partageaient presque l’intégralité de la propriété du vignoble de Corton. Notamment, au 14e siècle les omniprésents Cisterciens y étaient détenteurs d’un bien-fonds important de 34 hectares et d’un meix (habitations rurales avec dépendances) spacieux et vraisemblablement remarquable.
Longtemps, Aloxe fut un milieu pauvre, précaire. Elle aurait été la paroisse la plus pauvre du diocèse d’Autun qui englobait une partie importante de l’espace de la Côte d’Or.
À partir du 17e siècle, les vignes des institutions religieuses passèrent, par vente ou par bail, entre les mains de la bourgeoisie enrichie de Beaune et Dijon. Des demeures bourgeoises encore aujourd’hui emblématiques sont alors construites à Aloxe, nommément le Château de Corton et le château de Corton-Grancey.
L’attachement des gens d’Aloxe à leur cru célèbre était considérable. Par décret impérial, Aloxe obtient le droit en 1862 d’adjoindre à son nom celui de Corton pour dorénavant s’appeler Aloxe-Corton. Pernand devint Pernand-Vergelesses en 1922 pour célébrer ses crus de Vergelesses.
À l’arrivée du phylloxéra vers 1878, les deux tiers du coteau du GC Corton étaient détenu par que sept propriétaires bourgeois.
En 1891, la famille de Grancey vend son grand domaine d’Aloxe au négociant Louis Latour. Depuis, sept autres descendants au même nom Louis Latour se sont succédés à la direction de cette maison de négociants-éleveurs. (Voir ‘Les maisons et domaines emblématiques’).
La culture du Chardonnay a été entreprise en Côte d’Or au cours du 19e siècle. Ce cépage remplaça graduellement le Pinot blanc. C’est durant les premières décennies du 20e siècle, donc plus tardivement que sur la Côte des Blancs, que le Chardonnay fut résolument planté sur les parties élevées des coteaux de la colline de Corton, sur le périmètre devenu depuis le GC Corton Charlemagne.
En 1978, une révision des appellations suscite l’élargissement du GC Corton. Les climats de Ladoix Les Grandes Lolières et partiellement Les Mourottes, Hautes et Basses, sont classés en Corton Grand Cru.